Cryptosporidium parvum (genotype ký sinh trên bò) và C. hominis (genotype tồn tại trên người) là các nguyên nhân chính gây nhiễm Cryptosporidium ở người. Nhiễm cryptosporidium bắt nguồn từ:

• Ăn các thực phẩm và uống nước bị nhiễm phân có chứa mầm bệnh (thường là nước trong bể bơi công cộng và khu dân cư, bồn nước,bồn nước nóng, công viên nước, hồ hoặc suối)
• Tiếp xúc trực tiếp người - người[2]
• Lây truyền bệnh

Bệnh xảy ra trên toàn thế giới. Nhiễm Cryptosporidium gây ra 0,6 đến 7,3% trong số các nguyên nhân gây tiêu chảy ở các nước phát triển và tỷ lệ phần trăm thậm chí còn cao hơn ở các khu vực có điều kiện vệ sinh kém. Đó là nguyên nhân gây bùng phát tiêu chảy phân nước lớn ở Mỹ (1). Ở Milwaukee, Wisconsin, > 400.000 người đã bị ảnh hưởng trong vụ bùng phát dịch bệnh năm 1993 khi nguồn cung cấp nước của thành phố bị ô nhiễm bởi nước thải trong mùa mưa vào mùa xuân và hệ thống lọc nước hoạt động không chính xác.

Trẻ em, khách du lịch nước ngoài, bệnh nhân suy giảm miễn dịch và nhân viên y tế chăm sóc cho bệnh nhân nhiễm cryptosporidiosis có tăng nguy cơ nhiễm bệnh. Bùng phát dịch có thể xảy ra ở các trung tâm chăm sóc ban ngày. Số lượng kén hợp tử cần thiết gây nhiễm bệnh ít, sự bài tiết kén hợp tử kéo dài, sự đề kháng của kén với clo, và kích thước kén nhỏ gia tăng mối quan tâm về các bể bơi có trẻ em dùng tã lót sử dụng.